Olivenöl in einem Topf erhitzen und Zwiebel und Knoblauch darin bei mittlerer Hitze glasig dünsten. Mit Gemüsebrühe und Essig ablöschen, Dosentomaten und Tomatenmark zugeben. Etwa 10 Minuten einköcheln lassen. Oregano und Chilipulver zugeben und mit Honig, Zitronensaft, Salz und Pfeffer abschmecken.
Für das Topping die restliche Butter in einer Pfanne zum Schmelzen bringen und darin das Paniermehl zusammen mit der gepressten Knoblauchzehe für ca. 3 Minuten rösten bis das Paniermehl leicht gebräunt ist. Fertiges Topping zur Seite stellen.
Fenchel mit Salz und Pfeffer würzen und abwechselnd mit Tomatensauce und Parmesan in eine Auflaufform schichten. Mit Tomaten und Parmesan abschließen.
Gratin im vorgeheizten Backofen bei 200 °C (Ober-/Unterhitze) ca. 20 Minuten goldbraun überbacken, dann das Topping darüber verteilen und weitere 10 Minuten backen bis es schön goldbraun ist.